• PEN의 최고 기구로서 각 지역본부의 대표자로 구성됨.
• 매년 PEN 세계대회가 열릴 때 대의원총회가 열림. 이 때 각종 문화 행사와 문학 포럼을 함께 개최함.

• 총회의 결의사항을 집행하는 기구
• 회장, 사무총장, 재무국장, 이사 7명으로 구성됨.
• 실무를 맡는 사무국은 런던에 위치하고 집행이사 책임하에 운영됨.

• 국제펜클럽의 위원회로는 「평화작가위원회(Writers for Peace Committee)」, 「번역·언어권리위원회(Translation & Linguistic Rights Committee)」',「여성작가위원회(Women Writers' Committee)와「투옥작가위원회(Writers in Prison Committee)」등 4개가 있음.
• 각 위원회 마다 위원장(International Chair)이 있어 그가 국제PEN 이사회로 보고함. 투옥작가 위원회를 제외한 모든 위원회는 지역 PEN본부(Centre)에 위치하고 있음.
• 각 지역본부는 어느 위원회에 참여할 지를 정하여 대표자를 지명함.

평화작가위원회(Writers for Peace Committee)

• 「평화작가위원회」는 냉전기간 중 문화 협력의 어려움에 대처하기 위하여 1984년 구성되었음. 주 목적은 많은 문이 닫혀 있던 시절에 평화적인 지적 협력을 위해 문을 열고, 사상과 저작물의 교류를 장려하는데 있었음. 초기에는 매년 슬로베니아의 블레드에서 만남으로써 동구와 서구 작가들 간의 민주적 대화를 위한 공간이 되었고, 구 유고슬로바키아의 분리 독립 당시에는 해당국의 작가들이 서로 견해를 교환하고 자신들의 입장을 토로하는 장이 되었음.
• 오늘날에도 이 위원회는 이종 문화 간의 문학적 대화와 상호 이해를 위한 장으로서의 역할을 계속하고 있으며, 블레드 회의는 세계 각국에서 모인 작가들과 펜 회원들이 여러 관심사에 대해 토론 및 토의하는 기능을 하고 있음. 그간의 주제로는「테러리즘에 대항하는 수단으로서의 표현의 자유」,「현대 세계의 세계화 과정에서의 문학의 소외와 국제펜클럽의 역할」 등이 있음.
• 현재 위원장은 에드바르드 코박(Edvard Kovac)임.

여성작가위원회(Women Writers' Committee)

• 「여성작가위원회」는 1991년 여성작가들이 경험하고 부딪치게 되는 특정 문제의 해결을 위해 지원하기 위하여 구성되었음. 현재는 국제PEN 내에서 뿐만 아니라 전 세계의 다른 조직과 함께 여성과 여성의 권리를 위해 공조하고 있음. 일 예로 유엔의 여성문제위원회의 회의에 참가하여 이집트의 나왈 엘 사다위, 쿠바의 마리아 엘레나 크루즈 바렐라와 마르타 베아트리쯔 로퀴 등 여성작가와 관련된 인권 문제에 관여하여 왔음.
• 여성에게는 자원에 대한 접근권 및 책임의 부여에 있어 공정하지 않으며, 어떤 국가들에서는 그간 한 번도 여성작가의 책이 발간된 적이 없음. 여성작가위원회는 여성작가의 개발 지원에 그 목표를 두고, 여성 회원들이 투옥작가위원회, 번역·언어권리위원회 등과 상호 연계하여 국제PEN 활동의 모든 분야와 지역 개발 및 문학 프로그램에 참여토록 장려하고 있음.
• 이 위원회는 현재 70개국 이상의 PEN 지역본부에서 활동 중이며 회원들은 다양한 인종과 언어군을 망라하고 있음. 사업의 우선순위를 국제PEN의 모든 분야에 대한 정보를 여성들에게 제공하고 여성에게는 평등권이 주어지지 않은 지역을 위한 혁신적인 프로그램을 수립하는 데 두고 있음.
• UN 여성문제위원회의 회의에도 참가함. 네판, 키르기스스탄, 세네갈 등 국가에서 회의를 열며 스페셜 소식지를 발간해 옴. 또한 페이스북을 이용해 여성작가들의 세계적인 네트워크를 구성하고 있음 
• 현재 위원장은 Lucina Kathmann임.

번역·언어권리위원회

• 「번역·언어권리위원회(Translation & Linguistic Rights Committee)」는 1978년  제43차 국제PEN스톡홀름 대회에서 구성되었음. 이 위원회는 많은 사람들이 쓰는 언어뿐 아니라 소수 민족의 언어나 문학 또한 쓰여지고, 읽혀지고 들려지는 권리를 가져야 한다고 생각함. 프로젝트, 이벤트, 출판, 캠페인 등을 통해 사람들이 자신의 문화권 밖 문학을 접할 수 있도록 노력하고 있음. 오늘날 이 위원회의 활동은 가장 근본적인 문제인 문학작품에의 접근권을 포함하여 주로 번역과 언어에 대한 권리와 관련된 현안 및 이들 사안이 전 세계의 독자와 작가들에 미치는 영향에 초점을 두고 있음. 이와 함께 문학 작품의 번역 활동이 이종 문화 간의 대화와 교류를 가능케 한다는 점을 크게 강조하고 있음.
• '권리에 관한 세계 선언'을 만드는데 주요 역할을 했음. 2011년에는 세계 선언의 목표와 국제PEN의 세계적인 차원의 번역 언어권리 강화의 목적을 요약한 '헤로나 성명서(the Girona Manifesto)' 초안을 만듬.
• 현재 위원장은 Josep Maria Terricabras임.

투옥작가위원회

• "한 명의 작가라도 자유롭지 못하다면, 그 어떤 작가도 자유롭지 못하다." -오르한 파무크
• 「투옥작가위원회」는 세계 곳곳에서 비판의 목소리를 잠재우려는 시도에 대하여 우려가 점점 커져감에 따라 1960년 구성되었다. 관련정보를 수집하고 PEN 회원들의 경각심을 일깨워 필요한 조치를 취할 수 있도록 하는 자원봉사자 사무실이 런던에 개설되었음.
• 위원회는 정부에 로비하며, 앞으로 각 센터의 명예회원이 될지도 모르는 투옥된 작가들의 사기를 북돋기 위해 노력함. 또한 작가와 기자에 대한 학대관련 사건의 모든 정보를 보관하고 있으며 이는 매일 업데이트 됨. 요청에 따라 각 사건별 혹은 특정 국가와 관련된 정보를 제공함.
• 현재 이 위원회에는 작가, 저널리스트, 논설위원, 시인, 발행인 등에 대한 천여 건의 ‘공격’을 모니터하고 있는 전문가 팀이 구성되어 있음. 여기서 ‘공격’이라 함은 장기 투옥, 박해, 위협 및 심지어 살해까지도 포함됨. 긴급한 경우 공격뿐만 아니라 표현의 자유에 영향을 미치는 세계적 추이에 대하여 회원들에게 현황을 통보하고, 취해야 할 조치와 캠페인에 대한 조언을 함. 예를 들면, 항의 서한 발송, 대정부 로비, 일반 대중의 인지도 제고 등이 이에 해당되는데, PEN 회원들이 투옥작가의 가족에게, 또 가능한 경우에는 투옥작가 본인에게 직접 편지를 써서 이들을 격려하고 희망을 갖도록 함.
• 위원회의 'Rapid Action Network Alerts'는 삶과 자유를 위협받는 작가들의 자세한 정보를 제공하며 구체적인 대응책을 제안함. 위원회는 개인적인 작가와 관련된 일 외에도 표현의 자유와 관련된 일들에 관한 캠페인을 만듬.
• 현재 전세계의 64개 PEN본부에 투옥작가위원회가 구성되어 있음.
  
• 현재 위원장은 Marian Botsford Fraser임.